西安地铁3号线保税区站位于国际港务区港务大道与秦汉大道交叉口，是3号线的北端终点站。该站为非换乘车站，不与其他地铁线路交汇。

保税区站周边聚集了西安综合保税区、国际港务区、进出口贸易企业及物流园区，主要人群为商务办公人员、物流从业者、进出口贸易从业者及周边居民。此外，因临近西安奥体中心，赛事或大型活动期间也会吸引大量观众及游客。

保税区站日常客流量中等，早晚高峰以通勤人群为主，平峰时段客流相对平稳。但在大型展会、体育赛事或保税区商贸活动期间，客流量会显著提升。根据西安地铁公开数据，该站日均客流约1.2-1.5万人次，节假日或特殊活动日可达2万人次以上。