花神庙站位于南京地铁1号线上，地处南京市雨花台区软件大道与花神大道交叉口。该站不是换乘车站，因此不涉及其他地铁线路的换乘。

花神庙站周边主要为软件产业园区和居民区，因此乘客以软件园区的上班族、周边居民及学生为主。此外，由于靠近南京南站，也有部分外地游客和商务人士经过此站。

花神庙站的客流量较大，尤其是在早晚高峰时段，通勤人群密集。平峰时段客流量相对平稳，但仍保持较高水平。整体来看，该站日均客流量在南京地铁1号线中属于中等偏上水平，广告投放潜力较大。